在上海注册工厂自动化行业有限公司时，应该设立董事会而不是执行董事，因为董事会能够提供更好的公司治理结构、更多的决策权力和更好的风险控制。<

公司治理结构

在工厂自动化行业，设立董事会可以提供更好的公司治理结构。董事会由董事组成，他们代表股东监督公司经营管理，保障公司利益。董事会可以通过对公司战略、财务、风险管理等方面进行监督和决策，确保公司长期稳定发展。董事会还可以制定公司治理结构、内部控制制度和相关规章制度，提高公司的透明度和规范化管理。

决策权力

设立董事会能够提供更多的决策权力。董事会是公司的最高决策机构，可以对公司发展方向、重大投资、重大合同等进行决策。董事会成员可以根据自己的专业领域和经验，为公司提供更具有前瞻性和战略性的决策，使公司更具竞争力和创新能力。相比之下，执行董事的决策权力相对较小，容易导致公司决策的局限性和狭隘性。

风险控制

董事会能够提供更好的风险控制。在工厂自动化行业，市场竞争激烈，行业变化快速，公司面临着多种风险，如技术风险、市场风险、经营风险等。董事会可以通过建立健全的风险管理体系，及时识别、评估和应对各类风险，保障公司的稳健经营和可持续发展。而如果是执行董事，则可能因为个人视野和能力的限制，难以全面把握和有效控制各类风险。

团队协作

董事会能够提供更好的团队协作。董事会成员来自不同的背景和领域，具有丰富的经验和专业知识。他们可以共同商讨公司发展战略，共同决策公司重大事项，形成合力，推动公司发展。而如果是执行董事，则可能因为个人能力和视野的局限性，难以形成高效的团队协作。

法律规定

根据《公司法》和《董事会章程》，公司应当设立董事会，明确董事会的职权和责任。董事会的设立是法律的要求，也是公司长期稳定发展的需要。在注册工厂自动化行业有限公司时，应当设立董事会，以符合法律规定和公司发展的需要。

总结归纳

在工厂自动化行业注册有限公司时，应当设立董事会而不是执行董事。董事会能够提供更好的公司治理结构、更多的决策权力和更好的风险控制。董事会能够形成更好的团队协作，更好地满足法律规定。设立董事会是注册工厂自动化行业有限公司的最佳选择。