1. 确定公司类型和名称

在注册国际货运代理股份公司之前，首先需要确定公司的类型和名称。在上海，可以选择注册为有限责任公司（LLC）或股份有限公司（LTD）。公司名称需要符合相关规定，不能与已有公司重名，并且不能包含敏感词汇。<

2. 准备注册材料

注册国际货运代理股份公司所需的材料包括：公司章程、董事会决议、股东名册、股东会决议、董事和高级管理人员的身份证明、公司注册地址证明、公司章程等。这些材料需要经过公证处公证，并翻译成中文。

3. 在上海市工商局注册

将准备好的注册材料提交给上海市工商局进行注册。在注册过程中，需要填写相关申请表格，并缴纳一定的注册费用。工商局将对提交的材料进行审核，如无问题，会颁发营业执照和税务登记证。

4. 注册海关经营权

在上海从事国际货运代理业务，需要注册海关经营权。注册海关经营权需要提供公司的营业执照、法定代表人身份证明、申请表格等材料，并缴纳一定的费用。海关将对申请材料进行审核，如审核通过，将颁发海关经营权证书。

5. 办理进出口经营权

国际货运代理行业通常需要办理进出口经营权，以便为客户提供进出口货物的报关、报检等服务。办理进出口经营权需要提供公司的营业执照、法定代表人身份证明、申请表格等材料，并缴纳一定的费用。相关部门将对申请材料进行审核，如审核通过，将颁发进出口经营权证书。

6. 注册人民币结算账户

作为国际货运代理公司，需要与国内客户进行人民币结算。注册人民币结算账户需要提供公司的营业执照、法定代表人身份证明、银行开户申请表等材料，并缴纳一定的费用。银行将对申请材料进行审核，如审核通过，将开通人民币结算账户。

7. 办理进出口权益登记

国际货运代理公司需要办理进出口权益登记，以便享受相关政策和优惠。办理进出口权益登记需要提供公司的营业执照、法定代表人身份证明、申请表格等材料，并缴纳一定的费用。相关部门将对申请材料进行审核，如审核通过，将颁发进出口权益登记证书。

8. 缴纳税费

注册国际货运代理股份公司后，需要按照相关规定缴纳企业所得税、增值税等税费。税费的具体计算方法和缴纳方式可以咨询税务部门或会计师事务所。及时缴纳税费是公司合规经营的重要环节。

9. 公司运营

完成上述流程后，国际货运代理股份公司可以正式开始运营。公司需要制定详细的运营计划和管理制度，招聘员工，开展市场推广活动，与客户建立合作关系，并提供高质量的货运代理服务。

10. 费用

注册国际货运代理股份公司所需的费用包括：注册费、公证费、翻译费、工商注册费、海关经营权注册费、进出口经营权注册费、人民币结算账户开户费等。具体费用根据公司规模和注册地点的不同而有所差异。在注册过程中，还需要考虑到后续的税费、员工薪酬、租金等运营成本。